Nhiệm kỳ thứ hai của Bush được ghi dấu với nhiều rủi ro.- Sau Bài diễn văn Liên bang lần thứ năm, tổng thống đẩy mạnh những cải cách An sinh Xã hội, lúc đầu được ủng hộ bởi đảng của ông nhưng lại không thuyết phục được các nghị sĩ thuộc cả hai đảng để có thể được thông qua tại Quốc hội.- Trong chuyến viếng thăm của Bush, đến Cộng hoà Gruzia, ngày 10 tháng 5 năm 2005, đã xảy ra một âm mưu ám sát ông do Vladimir Arutinian, nhưng quả lựu đạn không nổ sau khi va vào một cô gái và lăn vào đám đông cách lễ đài 19 m, nơi Bush đang đứng đọc diễn văn.- Cung cách đối phó với Bão Katrina của chính phủ liên bang và những nghi vấn về bè phái trong tháng 8 năm 2005 gây không ít khó khăn cho tổng thống.- Gần đây là những tranh luận về tính hợp pháp của chương trình dọ thám người dân trong nước dẫn đến những đề xuất nhằm hạn chế các đặc quyền hành pháp.

Ngày 17 tháng 11 năm 2006, Tổng thống George W. Bush và Đệ Nhất Phu nhân Laura Bush đến Hà Nội để tham dự Hội nghị APEC lần thứ 14, và hội kiến với những nhà lãnh đạo Việt Nam, sau đó thăm chính thức Việt Nam . Ngày 19 tháng 11, sau khi đáp máy bay vào Thành phố Hồ Chí Minh, cùng với Thủ tướng Úc John Howard, Bush và Laura đến dùng bữa tại một nhà hàng trên đường Hai Bà Trưng. Hôm sau, ông đến thăm Trung tâm Chứng khoán, Viện Pasteur và Viện Bảo tàng Lịch sử . Ông là tổng thống thứ hai của Hoa Kỳ đến thăm Việt Nam kể từ lúc chiến tranh Việt Nam kết thúc năm 1975.